分类“技巧”的存档

Linux Begins Dancing

2009年01月11日 星期天
1 星2 星3 星4 星5 星 (尚无打分)
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cd, cd ., cd .., cd ../../.., cd  , cd ~, cd -
pwd, find, whereis, locate(updatedb)
whatis, apropos, man -f, man -k
ls -a, ls -F, ls -m, ls -x, ls -l, ls -R, ls -Rd */*/
ls --full-time
ls /usr/bin > programs.txt
ls -d /usr/bin/t*
ls Regular Expressions
dir, vdir
cat, cat -n, cat *.txt, cat test.txt test2.txt,
cat test* > test3.txt, cat test1.txt >> test2.txt,
cat -n test1.txt >> test2.txt
more
less, lesskey, less -M, less -N
within less command: !wc, "/keywords" to search
head, head -10, head -n 10, head -c, head -c 2b, head -q
tail, tail -10, tail -n 10, tail -c, tail -c 2b, tail -q
tail /var/log/messages

touch file, touch file1 file2 file3
>untitled
touch -t
rm -i, rm -f, rm -r, rm -fr, rm -fr /*
rm file1, rm file2 file3, rm file*
mkdir newfolder
mkdir newfolder1 newfolder2
mkdir -p newfld1/newfld2
tree
mc (MidNight Commander)
rmdir, rmdir -p
mv, mv -i, mv -b, mv -ib
cp, cp -i, cp -b, cp -ib, cp -r, cp -p
ln, ln -s,
grep, egrep, fgrep
grep -n, grep -f
egrep -n, egrep -f
fgrep -n, fgrep -f
grep -E, grep -F
zgrep
tar, tar --remove-files
tar -cf, tar -cvf, tar -cwf, tar -tf
tar -xvf, tar -xvwf
gzip, gzip -S, gzip -l, gunzip, gzip -d
gzip -t, gzip -tv
compress -f, uncompress

chsh -s
<TAB> key in the Bash Shell
cpio -o <source.txt >sink.cpio
cpio -o <source.txt >sink.cpio 2>>errors.txt
printenv, set
ifconfig
alias modifications
source
ps, jobs
kill, killall, pkill
Ctrl+Z; bg, fg
pipes!
chmod +x
echo

My first Linux shell program:
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
sudo apt-get autoremove
sudo apt-get autoclean
sudo apt-get clean

uname -a, passwd, logout, exit
mount, unmount, df, du, fsck
shutdown, reboot, who, free
whereis
ftp, bye, ping
clear

11月8号科学blog圈聚会简记

2008年11月17日 星期一
1 星2 星3 星4 星5 星 (1个打分,得分:4.00,5分制)
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到会各组织、成员及组织特色:
科学松鼠会:姬十三、Yami、猛犸、Gary;年轻而发展迅速的科普blog圈
煎蛋:杨光、帽子;有趣的科普内容译文聚合群体blog
奇迹文库:季燕江;早期做预印本和电子书,现在有做读书会(journal club)的想法
集智俱乐部:Jake;对系统科学及相关问题感兴趣,网上平台有网站、豆瓣组、blog和google group,线下活动丰富多样
格致:Harrison;聚焦科学技术的群体 blog,用户群体较年轻,成员当中海外学子和物理学专业者较多,组织较松散,网站技术较好,有一批关注科学2.0的成员
科学网:孙宁、何姣;中科院旗下《科学时报》的网上官媒,以科研立项方式获得资助,进行科学传播媒体的探索,其“科学网博客”教授和老师用户较多,但目前页面设计方面较陈陋,预计明年改版

关于格致的定位和特色问题的讨论:
1.季燕江老师提出,格致拥有很多海外成员,科学素养很高,但因为地缘上的分散性使得线下活动难以举行。但格致可以与参会的各网站和组织联系,通过合作来组织线下活动。
2.从igezhi.org和wordpress平台下诸多插件的开发来看,自号为“格致管道工”的桑葚技术基础非常好。但从目前格致的状况来看,瓶颈也许不在技术方面。季燕江老师认为,格致在技术方面应该做减法,而非加法。最应该考虑的问题是如何针对海外成员多的状况扬长避短,如格致可以成为一个各科学blog圈国内成员与国外成员交流的一座桥梁。
3.考虑国外的科研条件和科学氛围的相对成熟性,我(Harrison)认为格致的海外成员是一笔很好的人脉资源。除了科学研究方法、经验和心得之外,大家还可以在此平台上交流科研生涯规划问题,提供信息互助等。通过社区化加强成员之间的互动可能会产生很好的效果。Science杂志网站旗下有个ScienceCareers子站,至少目前我们可以讨论与其类似的话题,为这些文章涉及的话题,提供一个来自学生和年轻科学家/科研工作者的自下而上(bottom-up)的视角。
4.专业构成方面:大家一致认为,目前格致成员中物理专业的较多,交流可能还好;化学、生物等专业的似乎太少,也没有能形成有效的交流。有意思的是,在国外的blog圈子里,也是物理学家bloggers最多最活跃,做理论的bloggers较多较活跃。这可能与生物学和实验方面的研究竞争较激烈、科研工作者时间紧压力大有关。但在科普领域,从目前虽年轻但发展最火的松鼠会看来,似乎还是生物方面的数量居多,也较受欢迎,这应该是因为生物方面的科普知识与多数人更贴近,更易引起关注。
5.关于线下活动:集智俱乐部的线下活动搞得有声有色,负责人Jake介绍说,集智开始是专注于网上的交流,有段时间也进入了瓶颈期;后来通过线下活动,恢复了活力。现在集智已经发展出两周一次的线下活动惯例,覆盖了讲座、读书会、电影节、看展览、编程经验交流等多种形式。从参加的几次活动,我个人认为,线下活动是集智俱乐部最大的亮点之一。

=========分割线========
季燕江老师的几个观点:
1.专业者与兴趣者的差别仅在于细节。在框架上,兴趣者是完全可跟专业者达到相同程度的。
2.民科问题,终究可以还原为一个教育问题。
3.任何一个网站或组织,其资源都是有限的,所以一定要只做有价值、有兴趣的、独特的事情。

其它议题:
1.科学松鼠会的发展历程和人员组成
2.煎蛋的“放弃CC协议”风波和版权保护问题
3.奇迹文库的“民科”热情高于“官科”问题
4.集智俱乐部的瓶颈期及其突破
5.格致的瓶颈期问题(见上面讨论)
6.科学网的网站改版问题

========后记========
这次聚会最早缘起于格致负责人桑葚在格致三周年的一个“怨妇”帖:格致陷入低谷,萌生退意。此贴引起广泛讨论,松鼠会姬十三提出在北京的科学blog圈举行成员代表聚会,遂成。
作为格致的唯一赴会代表,除了被桑葚抓壮丁因素之外,也是带着一个比较研究的问题而来的。我个人从07年初担任国内最大的生态学论坛“普兰塔”的版主,这是一个由中科院植物所马克平所长等建立的一个论坛,其资源获取和发展驱动机制中,自上而下(top-down)的成分较大。最初被格致吸引,除了对科学2.0这个话题的关注之外,更希望观察这个纯自下而上(bottom-up)的组织的建立和发展历程。此次参会,更了解到各相近组织不同的发展历程和模式,很有启发和借鉴意义。
题外话,关于科学2.0:科学2.0是在Web2.0时代科学传播方式的相应变化趋势。我认为的科学传播至少包括科学普及和学术出版两个领域。后者一度很热,特别在国外,相关的网站有Nature旗下的Nature NetworkConnotea、Elsevier下的2collabs、老牌学术书签网站CiteULike、ISI的EndNote WebResearcherID等,但目前看来,似乎仍然未有突破。我认为原因是目前尚未出现一个能够将扁平化趋势和同行审议机制的矛盾解决好的方式。许多类似网站出现了民科出没、官科退散的现象,这是即便Nature等大牌也暂时无力避免的。
这次聚会没能见到奇客资讯三思科学的代表,也没能见到李淼老师等知名的独立科学blogger,以及原定参会的另一位格致代表lochmeters,是一大遗憾。希望以后有机会。

我要这样做幻灯

2008年10月28日 星期二
1 星2 星3 星4 星5 星 (尚无打分)
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——群落中性理论workshop纪事之一

 
大牛老板邀请了几位超大牛们来师大开店(workshop,俗译“工作商店”),会场人满为患,火爆异常。前边给Hubbell翻译讲稿,后边管同步中后方ppt,在幻灯制作方面得到几点感想。

当大牛不容易,但至少我可以当个老师;况且,即便还不是老师,平常对着片子做presentation的机会也不少。我要这样做幻灯:

1.大号字体,无衬线(如黑体、雅黑、细黑和Arial,而非宋体或Times New Roman),必要时可全部加粗,而由下划线实现强调重点的作用。有很多同学坐在(或站在)后边,内容一定要显眼。

2.不要整句,只列重点(power points)。字越少越好。对于不是很熟悉的内容,似乎阅读和听讲是互相争夺注意力的。别在听讲者没有读完片子前切到下一章。

3.第2条的例外——如果对中国学生做英文报告,还是保留整句。因为多数中国学生的英文阅读能力比英语听力好得多(也就是说,后者比前者……反正我目前是这样)。

4.内容布局:向上略紧凑些。底部的1/4甚至1/3建议留空。如果不是阶梯教室,后边的同学会被前边同学的不透明头部(没有活人长着水晶头骨)挡住视线。

5.兼容性很重要。Mac OS做的幻灯常用Quicktime格式,用powerpoint for windows放映时常常无法显示;Powerpoint 2007要生成以前版本能支持的文件,要在保存时专门选择格式;Windows制作的幻灯片中有许多私有字体,在Linux的OpenOffice.org里放映时被转换,可能破坏行列结构。笔记本和投影仪的分辨率也要注意调节。

6.肖像和语录是幻灯中吸引人的材料。

7.每个公式至少配一句话说明。对非本领域听众,数学+英语=听不懂

8.与第1条相应,为了后边的同学,大声讲解。必要时咆哮。

学术研究专用的Firefox扩展:Zotero

2008年01月23日 星期三
1 星2 星3 星4 星5 星 (2个打分,得分:4.00,5分制)
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最早是经格致老大桑葚的介绍,接触了这个号称“下一代科研工具”的Firefox扩展。一开始还没觉得好用,也就没专门去学,岂料用过几次之后发现再也离不开了。

这个扩展的主要特点就是在网页浏览和文献阅读这两个多数人会分开的过程中,建立了一个无缝的衔接,大大地提高了效率。使用这个简洁的工具之后,我就很少劳烦庞大的EndNote X1了,除了在写文章插文献的时候;不过刚刚又看到介绍,说Zotero还出了支持Microsoft Word, Google Office和Open Office等的插件。免费,开源,太好太强大了。

下载地址:http://addons.mozilla.org/firefox/addon/3504
官方网站:http://www.zotero.org/
xpi文件若没有自动安装,就可以把它直接拖入Firefox窗口中进行安装。

具体用法我就不再重复介绍了,请参考相关说明。除了桑葚的帖子之外,还包括:
Firefox 的杀手级扩展── Zotero
http://snakehsu.info/sigma_c/2007/10/firefox-zotero.html
在 Microsoft Word 中使用 Zotero
http://www.endnote.cn/using-zotero-with-microsoft-word-screencast-39.html

下面几条是我自己补充的使用体会:
1. 要让Zotero可以在获取题录信息时自动下载pdf,请在“配置”中选中“保存条目时自动添加相关联PDF或其它文件”即可。默认是未选中的。
2.“使用Zotero来处理下载的RIS/Refer文件”则是默认选中的,导致了RIS被自动导入而不便另存,需要时可取消选中。
3.快捷键Ctrl+Alt+Z等可能与很多程序冲突,可定义为别的。
4.可以利用Zotero的导入导出功能,实现不同格式题录文件的相互转换,如RIS与BibTeX的互转。
5.在这里(http://dev.zotero.org/scaffold/)可以下载Scaffold扩展,用于添加site translator或修改代码,这点体现了这款开源软件的突出优势。
6.Nature News的translator目前有错误;美国生态学会(ESA)期刊生成的快照会被错误命名为EAS Snapshot,在Scaffold中修改代码换成ESA Snapshot即可。这个没有实质性影响。
7.对于目前最强烈的呼声——社会化,据说Zotero正在开发。其实包括CiteULike, Nature ConnoteaElsevier 2collab等在内的学术社会化书签网站(Lib 2.0)已经有很大的发展,所以倒是希望Zotero能开放一个面向这些网站的接口,方便用户。

冰封王子
15:34 2008-1-23

利用RSS订阅跟踪生态学期刊文献

2008年01月22日 星期二
1 星2 星3 星4 星5 星 (1个打分,得分:5.00,5分制)
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“能够跟踪相关领域内每期刊物所发表的最新文章的学生和老板还是少数。它意味着你必须对至少 10 种不同杂志的连续跟踪。”

——刘春明《科学之游戏规则》

RSS Feed是近几年被广泛采用的一种新闻馈送方式,用户可以通过本地或在线订阅所关注的特定馈送地址,获得及时的提醒。很多人是通过网志(blog)的RSS Feed订阅功能,对这个技术带来的便利产生最初印象的。包括Nature, Elsevier ScienceDirect等在内的很多权威期刊和数据库,都早已开通了这份功能。对于希望关注特定现刊目录、新接收文章和特定关键词的研究者来说,如果不希望邮箱里收到太多邮件,可以通过RSS Feed订阅来实现这个功能。这里所说的广义的RSS Feed包括RSS 1.0, RSS 2.0和Atom等不同格式。

现在有多种多样的桌面与在线RSS阅读器,桌面的又分为浏览器中集成的(如firefox的实时书签功能)和单独的程序(如Feed Demon),我个人使用和推荐的是广受赞誉的Google Reader。只要注册了Google帐号(gmail),即可开通Google Reader服务。进入界面后在左侧点击"Add subscription"按钮,在文本框中粘入订阅地址,即可成功订阅。Google Reader还提供了重叠式标签、搜索、分享等各种强大的功能。每次登入Google Reader,未阅读的新条目数就会显示出来,可以点击阅读。点击每条新条目(item)的标题,就能通向该篇文章所在的全文或摘要页面,如果是安装了zotero插件的firefox浏览器,就可以通过点击地址栏图标来自动搜寻下载题录信息(citations)和pdf全文,并自动生成可供标记的网页快照。

下面是几个生态学期刊的Table of Contents或Articles in Press的Feed地址,其他的地址我们可以从各期刊在数据库上的页面中找到,通常电波状的小图标链向的就是这种地址。

Ecology:
http://www.esajournals.org/perlserv/?request=get-toc-rss&issn=0012-9658
Ecological Monographs:
http://www.esajournals.org/perlserv/?request=get-toc-rss&issn=0012-9615
Ecology Letters:
http://www.blackwell-synergy.com/action/showFeed?mi=gh3l6&ai=si&jc=ele&type=etoc&feed=rss
Journal of Ecology:
http://www.blackwell-synergy.com/action/showFeed?mi=gh3l6&ai=s0&jc=jec&type=etoc&feed=rss
Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics:
http://arjournals.annualreviews.org/action/showFeed?ui=3fusc&mi=3fuoh&ai=sh&jc=ecolsys&type=etoc&feed=rss
Trends in Ecology and Evolution:
http://rss.sciencedirect.com/getMessage?registrationId=JACAJBCAKGCBRADCLACHJFEAKIHDODCERSEIMJCCJH
American Naturalist:
http://www.journals.uchicago.edu/action/showFeed?type=etoc&feed=rss&jc=AN
Oikos:
http://www.blackwell-synergy.com/action/showFeed?mi=gh3l6&ai=1d0&jc=oik&type=etoc&feed=rss
Nature:
http://www.nature.com/nature/current_issue/rss/
Science:
http://www.sciencemag.org/rss/current.xml
Functional Ecology
http://www.blackwell-synergy.com/action/showFeed?ui=0&mi=m5j0g&ai=10y&jc=fec&type=etoc&feed=rss

许多数据库,如Elsevier ScienceDirect中,特定关键词的搜索结果也可订制feed,保持更新通知。在相应的结果界面可以找到Feed地址。值得一提的是,Elsevier ScienceDirect的feed地址似乎太长而对Google Reader支持不是很好,常常不能更新。(至少我在2007年6月份遇到过这种情况)通过Feedburner或者FeedSky的桥接功能即可转换为较短的地址。如Trends in Ecology and Evolution经过Feedburner转换后的地址:
Trends in Ecology and Evolution (burned feed):
http://feeds.feedburner.com/trendsee

Google Reader的服务器在国外,这导致了两个结果。一个是由于特殊国情,国外很多被屏蔽的网站(如维基百科、Nature杂志条目在Technorati的反链结果、许多Science Blogger们在WordPress.com和Google Blogger上的网志等)的相关feed,可以通过这个来直接订阅。另一个是列入G,如同猫鼠在青瓦屋顶追逐,或者,已经接近尾声,猫捕获了它的猎物,眼下正挑逗。屋里的人将衣服挂在窗外,巷子中砖瓦F的W,首尾两点之间距离没那么均匀分配,中间的社区相对密集,是嘈杂的闹市。如果有时间,哪怕你走马观花也能淘到一些W黑名单的关键词也常常导致http://www.google.com/reader/页面不能流畅访问,这时只要用安全访问方式https代替http即可。可加入收藏夹。IE浏览器中可能会出现关于安全证书的对话框询问“是否显示不安全的内容?”,点“是”即可。Feedburner上的链接也被G,如同猫鼠在青瓦屋顶追逐,或者,已经接近尾声,猫捕获了它的猎物,眼下正挑逗。屋里的人将衣服挂在窗外,巷子中砖瓦F的W,首尾两点之间距离没那么均匀分配,中间的社区相对密集,是嘈杂的闹市。如果有时间,哪怕你走马观花也能淘到一些W屏蔽了,不能直接访问,但在Google Reader中可以订阅。要是嫌翻落在我阳台盆栽的榕树叶上,叶子颤动,枝丫摇晃,但还是支撑不住这重量。风从东面吹来,雨水砸在窗口上的铁罩,紧凑又墙麻烦,也可以用FeedSky桥接来实现长订址的缩短,只是更新速度可能会慢些。

有些中文数据库也开始提供feed输出了。另外,订址未必能保证条目的全面性,有些订址会有漏项。这就需要经过检查,认清订址类型,从已有条目来判断数据库提供的是否全面。

冰封王子
2008-1-22


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